A monitorização das mutações do coronavírus que possam agravar a pandemia ou reduzir a eficácia da vacina é um grande desafio para a gestão de medidas do controlo sanitário – aumentar as capacidades de sequenciamento dos vírus, sejam retirados de pacientes ou de amostras ambientais ou animais, e partilhar os dados é essencial para entender as origens das epidemias atuais e preparar melhor as que vão surgir no futuro.
Com as técnicas atuais, é possível a partir de uma amostra respiratória ou nasofaríngea obter-se a sequência (o texto genético) do vírus responsável por uma nova doença entre 1 a 5 dias – a sequência de 30 mil letras que forma o genoma do SARS-CoV-2 foi determinada no final de 2019 e divulgada a 11 de janeiro de 2020. A sua análise levou ao entendimento de que a epidemia atual na cidade de Wuhan estava relacionado com o SARS de 2003. Os virologistas deduziram a partir daí que provavelmente seria transmitido por gotículas, aerossóis, entre outros, e entra nas nossas células através do recetor ACE2 presente na sua superfície.
O sequenciamento também permitiu a implementação de testes de diagnóstico PCR a uma velocidade sem precedentes. Além disso, os métodos de biologia sintética permitiram aos laboratórios produzir, sem necessidade de isolar o vírus, certas proteínas do patógeno para estudar a sua estrutura e capacidade de neutralização por anticorpos do sangue de doentes infetados ou vacinados.
Num registo cronológico sem precedentes, o quadro clínico da Covid-19, assim como os seus sintomas, foi elaborado por médicos chineses várias semanas após o sequenciamento do vírus. O vírus responsável (SARS-CoV-2) pela pandemia foi nomeado mesmo antes da doença (Covid-19). As farmacêuticas desenvolveram vacinas em tempo recorde, usando apenas uma pequena parte do genoma: a parte que codifica a proteína spike, que cobre a superfície do coronavírus.
Em conclusão, a rápida aquisição das primeiras sequências deste novo vírus possibilitou o rápido desenvolvimento de testes diagnósticos, acelerou a pesquisa e facilitou o desenvolvimento de antivirais e vacinas. Esta é a primeira vez na história humana que um vírus foi sequenciado tantas vezes.
O banco de dados GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data), reconhecido internacionalmente e de acesso livre, inclui atualmente mais de sete milhões de sequências de SARS-CoV-2. Como todos os vírus, o coronavírus responsável pela Covid-19 sofre mutações ao longo do tempo: acumula cerca de duas mutações por mês, às vezes com acelerações, como no aparecimento das variantes Delta ou Ómicron.
As novas ferramentas de análise de dados sequenciais permitem identificar a origem geográfica das variantes que têm uma distribuição preocupante em torno de focos epidémicos. Mas também classificá-los de acordo com a sua cinética de difusão e o seu potencial impacto na continuação da epidemia. O próximo passo é prever como as diferentes mutações observadas nas variantes afetam a transmissão do vírus, a gravidade da doença e prever o comportamento de uma nova variante o mais rápido possível – por exemplo, a variante Ómicron tem mais de 60 mutações em comparação com a forma inicial observada em Wuhan, em dezembro de 2019.
O sequenciamento tornou-se uma ferramenta essencial para a vigilância epidemiológica e controlo de futuras epidemias e a Organização Mundial da Saúde considerou o seu desenvolvimento uma prioridade internacional.