O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, avançou esta terça-feira o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal.
Foram, até à data, analisadas 35.307 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 304 concelhos de Portugal.
Segundo o relatório do INSA, as amostragens semanais por sequenciação, juntamente com a avaliação diária da proporção de amostras com perfil SGTF, têm mostrado que, após a sua primeira deteção na semana 13 (28 de março a 3 de abril), a linhagem BA.5 tem apresentado uma frequência relativa marcadamente crescente, sendo dominante em Portugal (frequência relativa estimada de 78,7% ao dia 23 de maio). No último relatório foi projetada a tendência de crescimento a 15 dias da linhagem BA.5 em Portugal, e os dados obtidos desde então têm tido uma grande sobreposição com a projeção, confirmando que a linhagem BA.5 da variante Omicron atingiu uma frequência relativa de ~80% ao dia 22 de maio.
De acordo com a proporção de amostras positivas não-SGTF (perfil indicador de caso provável de Omicron BA.2), a linhagem BA.2 apresenta uma tendência decrescente na sua frequência relativa e estima-se que represente 21,3% das amostras positivas ao dia 23 de maio. Recentemente, foi detetada e tem vindo a ser monitorizada uma sublinhagem da BA.2 (BA.2.35) caracterizada pela mutação adicional L452R na proteína Spike, que desde a sua deteção a 1 de março (semana 9), tem apresentado em termos globais uma frequência relativa com tendência crescente, representando cerca de 3% das sequências analisadas nas semanas 18 e 19 (dados em apuramento).
A sublinhagem BA.2.12.1 foi detetada consecutivamente nas últimas três amostragens aleatórias por sequenciação (semanas 17 a 19) e, embora apresente uma frequência relativa <1%, foi já detetada em 5 das 7 regiões, sugerindo um aumento da sua circulação em Portugal. Esta linhagem tem suscitado interesse internacional pois caracteriza-se pela mutação adicional L452Q na proteína Spike (afetando o mesmo local proteico referido acima) e tem apresentado um considerável aumento de circulação em alguns países, nomeadamente nos Estados Unidos da América. A frequência relativa da linhagem BA.1 atingiu um máximo na semana 2 (95,6%, 10 a 16 de janeiro), altura em que iniciou uma tendência decrescente. Estima-se que a sua circulação seja residual atualmente, tendo sido detetada a uma frequência inferior a 1% desde a semana 16 (18 a 24 de abril). Relativamente à linhagem BA.3, não foi detetado qualquer caso em Portugal desde a semana 11 (14 a 20 de março), enquanto que a linhagem BA.4 não foi detetada, até à data, em Portugal. O relatório do INSA refere ainda que, em Portugal, os poucos vírus recombinantes identificados, até ao momento, foram detetados em casos esporádicos nas amostragens aleatórias semanais. Entre estes, destacam-se casos associados aos recombinantes com as designações internacionais “XM”, “XN”, “XE” e “XH”, sendo que todos são caracterizados por um perfil genético híbrido em que uma parte inicial do genoma corresponde à linhagem BA.1 e o restante à linhagem BA.2. Não existe evidência de que apresentem diferenças funcionais (ex., diferenças de transmissibilidade ou de evasão do sistema imunitário) em relação às linhagens parentais BA.1 e BA.2.
